年末調整の基礎 ― 小規模事業主・給与支払者の実務

解説 ｜ 公開日: 2026-09-06 ｜ 最終更新: 2026年10月7日

年末調整とは

年末調整は、1年間の給与に対応する所得税額を計算し、源泉徴収した額と精算する手続きです。従業員を雇用する事業者(給与支払者)は、原則として年末調整を行う義務があります。ただし、対象外になる事業主(夫のみを雇用している場合等)もあります。

年末調整の対象者

• 給与所得者: 1年間を通じて給与を受ける者(12月31日時点)
• 非居住者・短期在住者等: 場合により対象外
• 退職者: 退職した時点で、退職後は年末調整の対象外(退職者自身が確定申告)

年末調整の手続きの流れ

1. 給与所得者の扶養控除等(異動)申告書を従業員から回収(11月頃が多い)
2. 各種控除証明書(生命保険・住宅借入等)を確認する
3. 源泉徴収簿で、1年間の給与・各種控除・所得税額を計算
4. 精算: 源泉徴収額と年末調整後の税額を精算(過不足を徴収または還付)
5. 法定調書の作成(次年1月末までに税務署へ提出、原則マイナンバー関連の確認)

e-Taxでの提出

年末調整の届出・法定調書は、e-Tax(国税電子申告・納税システム)でも提出できます。マイナンバーカードまたは電子証明書が必要です。紙での提出も引き続き可能です。

制度の詳細は、国税庁の年末調整に関する案内でご確認ください。案内ページには、事業規模が小さい事業者向けの記載例や計算の例示も公開されているため、源泉徴収簿の様式を初めて整える場合にも役立ちます。

控除別に必要な確認書類

年末調整で控除を適用するには、従業員から証明書類を集めなければなりません。控除の種類ごとに必要な書類が異なるため、従業員への案内文とセットで整理しておきましょう。

主な控除と確認書類

• 生命保険料控除: 生命保険会社等が発行する保険料控除証明書。新契約・旧契約が併存する場合は両方を確認します
• 地震保険料控除: 地震保険料控除証明書。旧契約と新契約の区分で控除額の算出方法が異なります
• 住宅借入金等特別控除: 住宅借入金等特別控除申告書。初年度は確認書類を添えて本人の確定申告、2年目以降は年末調整で適用が可能です
• 寄付金控除(ふるさと納税等): 寄付金受領証明書。従業員がワンストップ特例を利用した場合は年末調整での申請は不要です
• セルフメディケーション税制(医療費控除の特例): スイッチOTC薬の購入記録を含む明細を確認します

書類回収で起きやすい問題

証明書類は12月に集中して提出されるため、漏れが生じがちです。回収状況を従業員別のチェック表で管理し、提出がない場合には「その控除は年末調整では適用できない。本人の確定申告で適用できる」という扱いになることをあらかじめ伝えておくと、後の説明がスムーズになります。電子化された証明書(電子的交付)も認められているため、従業員がどこで受け取るかを年度の初めに確認しておきましょう。保険会社のマイページからダウンロードした控除証明書のデータも受け付ける事業者が増えていますが、受け付けた電子データの受領一覧を社内で残しておくと、後日の照会への対応が容易になります。

期限と年間スケジュールの整理

年末調整は12月の締めに偏りがちですが、実際には年間を通じた準備が質を左右します。ここでは、月ごとの目安を整理します。

1. 年度の通じた記録: 月々の給与・源泉徴収税額は、その都度源泉徴収簿に記録します。12月にまとめて整理すると残業分の記載漏れが起きやすいです
2. 10〜11月: 申告書類の配布と回収。扶養控除等(異動)申告書の回収と、控除証明書類の受領を並行して進めます
3. 12月: 精算計算を行い、過不足を当月の給与支払時に反映します。還付・徴収の金額を従業員へ明示しましょう
4. 1月: 給与所得者の源泉徴収票の交付(従業員への交付)と、法定調書合計表の税務署への提出(翌年1月末が期限)を行います。自治体への給与支払報告書(特別徴収用)は、市区町村の期日で提出します
5. 退職者がでたとき: 年中途退職者は退職の時点で退職所得の精算を行い、その年の源泉徴収票を交付します

非居住者・短期在住者の扱いと注意点

年末調整の対象には、在住期間や居住地による除外の規定があります。ここでは、判断が分かれやすい人の扱いを整理します。対象者は1年間を通じて給与の支払を受ける者が基本で、日雇労務者や2か月以内の短期雇用者などは原則として年末調整の対象になりません。また、非居住者や、期間の区分により年末調整の対象から除かれる人もあります。判断基準は法律・告示で細かく定められているため、国税庁の年末調整関係の手引きや管轄の税務署で確認するのが確実です。

扱いを確認しておくとよい人の例

• 年中に海外赴任・帰任した従業員
• 退職後、翌年に退職金が支払われる予定の従業員
• 同時に複数の事業所から給与を受けている従業員

これらのケースでは、在籍期間と支払確定日の整理が精算の前提になるため、採用・退職の予定が決まった時点で、勤務期間と給与の支払予定を事務担当が把握しておきましょう。在住期間の区分については、入国・出国の日付が基準になるため、在留カードやパスポートの情報を確認したうえで判断してください。判断に迷う場合は、管轄の税務署へ個別に照会し、書面回答を保存しておくと後年の指導時に説明がしやすくなります。

よくある質問

年末調整と確定申告は、どちらが必要ですか

年末調整で精算が終わる場合は、通常、従業員本人の確定申告は不要です。ただし、医療費控除(セルフメディケーション税制を含まない一般的な医療費控除)や、住宅借入金等特別控除の初年度など、年末調整では扱われない控除がある場合は、本人が確定申告を行う必要があります。

従業員が1人でも法定調書を提出する必要がありますか

給与所得者が2人以上いる場合に法定調書合計表の提出が原則必要とされ、1人のみの場合は原則不要です。ただし、退職などで年中に人数が変わる場合は支払確定の実態で判断するため、提出義務の判断に迷ったら、税務署または国税庁の案内でご確認ください。

扶養控除等申告書を回収し忘れた従業員がいたのですが

年末調整の締めまでに回収できなければ、該当する控除(給与所得及び退職所得に係る控除)が適用できないため、その従業員が確定申告で控除を適用することになります。翌年以降は、回収を10月頃から始めるなど前倒しのスケジュールに組み込むと漏れが減ります。

年末調整で還付が出た場合、従業員にはどのように支払いますか

過不足の精算は、原則として12月の給与支払時に反映します。口座振替の締め日と支給日がずれる場合は、12月の給与明細書に還付額を明記し、翌月支給分で調整する運用も実務で見られます。還付の理由を従業員が理解できるように、控除別の計算内訳を添えると問い合わせが減ります。

源泉徴収票はいつまでに交付すればよいですか

原則として、翌年の1月31日までに従業員へ交付します。退職者は退職時に交付します。交付は紙での交付に限らず、電子交付も制度上可能とされているため、従業員の同意・環境を確認したうえで運用しましょう。

実務の落とし穴 ― 回収・精算・提出のつまずきと対処

年末調整は「12月の作業」と見られがちですが、実際に問題が起きやすいのは回収・精算・提出の各段階です。手続きの流れを踏まえ、つまずきやすい場面と事前にできる対処を整理します。

• 扶養控除等申告書が未提出の従業員がいる: 申告書の提出がない場合、月々の給与の源泉徴収税額は源泉徴収税額表の「乙欄」で計算することになります。乙欄で徴収された分は年末調整では精算されず、本人の確定申告で精算する流れになるため、10月頃に未提出者へ声をかけて回収を済ませておきましょう。
• 控除証明書が12月に届いて慌てる: 生命保険料控除証明書などは、保険会社から10月前後に届くのが通例です。従業員への案内は9月末〜10月初めに出し、12月に入ってから提出された分の扱い(年内の精算に間に合わせるかどうかの線引き)をあらかじめ決めておくと混乱が減ります。
• 年の中途退職者の精算を忘れる: 退職者への源泉徴収票は、退職の時点で交付します。退職した年の給与を年末調整でまとめて精算することはできないため、退職時に在職期間分の精算を済ませ、源泉徴収票を交付しておきます。
• 精算後に誤りに気づいた: 気づいた時点で再計算し、従業員への説明と源泉徴収票の訂正を行います。過不足の処理をそのままにせず、管轄の税務署に相談して対応するのが確実です。

いずれも「回収状況をチェック表で管理する」「精算の根拠を従業員別に残す」という基本の運用で防げるものが中心です。判断に迷う場合は、国税庁の手引きと管轄の税務署の案内を併せて確認してください。